El Centro Nacional de Aceleradores recibe las siguientes certificaciones: Certificación de Seguridad de la Información ISO 27001 y la Certificación de Gestión de la Calidad  ISO 9001.

Dentro de la política de calidad que se lleva a cabo en el Centro Nacional de Aceleradores, se han conseguido recientemente las certificaciones del Sistema de Gestión de Seguridad de la Información ISO 27001:2013, por parte de la empresa Bureau Veritas, conforme a las normativas internacionalesque le acreditan la implantación, el mantenimiento y la mejora del Sistema de Gestión de la Seguridad de la Información (SGSI) y la certificación de Gestión de la Calidad ISO 9001:2008, por parte de AENOR, que especifica los requisitos para un buen sistema de gestión de la calidad que pueden utilizarse para su aplicación interna por las organizaciones, para certificación o con fines contractuales y que por consiguiente ponen de manifiesto la excelencia de la administración y servicios de nuestro centro.

Estas normativas las desarrolla la Organización Internacional para la Estandarización o ISO, organismo encargado de promover el desarrollo de normas internacionales de fabricación, comercio y comunicación. Su función principal es la de buscar la estandarización de normas de productos y seguridad para las empresas u organizaciones a nivel internacional, y que por consiguiente otorga al Centro Nacional de Aceleradores la certeza de estar al mismo nivel que los centros de la Administración Pública o cualquier empresa privada internacional de reconocido prestigio.